En estas dos últimas décadas de su vida no todo fue de color de rosa, tuvo sus luces y sus sombras, sus logros y fracasos y todo se podría resumir en ese gesto o anécdota de un niño que se levantó de su pupitre y se dirigió a la mesa del señor De La Salle, después de la reflexión de la mañana. El niño le abrazo y le dio un beso, mientras le decía: » Que bueno eres, Hermano…»
La Salle en esta etapa experimentó la cara y la cruz de la misma moneda. Sintió la alegría de la fundación del Instituto de los Hermanos de las Escuelas Cristianas. Los Hermanos se comprometen a amar a todos, por el voto de castidad; a compartir lo que tienen, por el voto de pobreza; y se hace lo que Dios pida, por el voto de obediencia. Por eso los Hermanos son religiosos. Sus escuelas se expanden por toda Francia, siendo acogidas y valoradas por todas las clases sociales y rechazadas por muchos sacerdotes y maestros calígrafos paradigma de difícil comprensión.
Otra cruz fue la acusación de haber engañado a un menor (asunto Clement 1708), para la fundación de un seminario de maestros para el campo. Hecho que le ocasionó el rechazo de mucha gente que le volvieron la espalda. Se le tratará públicamente como poco menos que un corruptor de menores. Era la gota que colmaba un amargo vaso ya demasiado recargado por lo que pocos días después de conocerse la sentencia, el 18 de febrero de 1.712, LaSalle se va de París para no regresar hasta dos años y medio después. Después de tantos malos tragos, La Salle se sentirá muy bien acogido por sus Hermanos de Grenoble. Allí tendrá tiempo para escribir y revisar alguna de sus obras, para predicar a religiosas y damas cristianas de la ciudad y hasta para dar clase, sustituyendo al Hermano Director.
Durante su ausencia los hermanos deseaban que el señor De La Salle volviera porque muchos sacerdotes querían entrometerse en la gobernabilidad del Instituto y tomar las riendas de su gestión.
Ante tal grave situación, los hermanos decidieron enviar a un hermano para entregarle una misiva firmada por todos ellos, pidiéndole que regresara y retomara las riendas del Instituto (1 de abril de 1714). La Salle obedeció y las cosas se fueron arreglando y volviendo a sus cauces normales.
Su salud deteriorada por el reúma, agotamiento…, le lleva a La Salle a pedir a los Hermanos a que elijan al primer Hermano Superior del Instituto para que dirija el rumbo del Instituto y ningún sacerdote o clérigo interfiera en sus decisiones. El Hermano Bartolomé fue el primer Superior General en dirigir y dar vida al instituto (1717).
En 1719, el día de San José, De La Salle celebra su última misa, y estando en plena Semana Santa, Dios lo acogió el 7 de abril, viernes santo, a las 4 de la mañana.
San Juan Bautista De La Salle abandona el mundo para pasar a los brazos del padre.
GRACIAS SAN JUAN BAUTISTA DE LA SALLE porque nos enseñaste a EDUCAR en nombre de Dios.